A　フレックスタイム制では、1日単位で時間外労働を計算するのではなく、清算期間全体で時間外労働を計算します。

1．フレックスタイム制

フレックスタイム制は、1カ月以内の一定の期間（清算期間）の総労働時間をあらかじめ定めておき、労働者がその範囲内で各日の始業及び終業の時刻を、自律的に選択して働く制度です（労働基準法32条の3）。労働者が生活と業務との調和を図りながら、効率的に働けるようにと考えられた制度で、結果として労働時間の短縮につながるものと期待されています。

2．フレックスタイム制における時間外労働

この制度の下で勤務する労働者については、1日単位または1週間単位で法定労働時間を超えて働いた場合でも、時間外労働として扱いません。あくまでも清算期間全体で、時間外労働を計算します。
時間外労働として割増賃金の支払いが必要となるのは、清算期間における総労働時間が、その期間の法定労働時間の総枠を超える場合だけです。
つまり、清算期間中の週労働時間の平均が法定労働時間を超えていないのであれば、時間外労働はゼロということになります。
たとえば清算期間を4週間とした場合、4週間の総労働時間が176時間だったとすると、平均すると1週44時間労働したことになり、法定労働時間（週40時間）を超えています。このケースで時間外労働時間を計算すると、清算期間の法定労働時間の総枠は40時間×4週＝160時間ですので、176－160＝16時間が時間外労働となります。

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